Oltre a Meister Eckhart, Marco Vannini ha curato l'edizione italiana della Teologia mistica di Jean Gerson (Paoline, Milano 1992); il Libretto della vita perfetta, o Teologia tedesca, dell'Anonimo Francofortese (Newton Compton 1994, poi Bompiani, Milano 2009); le Prefazioni alla Bibbia di Lutero (Marietti, Genova 1997); Mistica d’Oriente, mistica d’Occidente di Rudolf Otto (Marietti, Genova 1985); la Spiegazione delle massime dei santi sulla vita interiore di Fénelon (San Paolo, Milano 2002); i Paradossi di Sebastian Franck (Morcelliana, Brescia 2009); Conversione e distacco di Valentin Weigel (Morcelliana, Brescia 2010); in collaborazione con Giovanna Fozzer, il Pellegrino cherubico di Angelus Silesius (Paoline, Milano 1989) e Sapienza mistica di Daniel Czepko (Morcelliana, Brescia 2005); con Giovanna Fozzer e Romana Guarnieri, lo Specchio delle anime semplici di Margherita Porete (San Paolo, Milano 1994). Ha diretto la Collana «I Mistici» dell’editore Mondadori, pubblicando una trentina di autori, antichi, medievali, moderni e contemporanei.

Tra i suoi principali lavori ricordiamo: Lontano dal segno. Saggio sul cristianesimo, La Nuova Italia, Firenze 1971; Dialettica della fede, Marietti, Genova 1983; Nietzsche e il cristianesimo, D’Anna, Firenze 1986; Meister Eckhart e «il fondo dell'anima», Città Nuova, Roma 1991; L'esperienza dello spirito, Augustinus, Palermo 1991; Introduzione a Silesius, Nardini, Firenze 1992; Il volto del Dio nascosto, Mondadori, Milano 1999; Introduzione alla mistica, Morcelliana, Brescia 2000; La morte dell’anima. Dalla mistica alla psicologia, Le Lettere, Firenze 2003; La mistica delle grandi religioni. Induismo, buddhismo, ebraismo, islam, cristianesimo, Mondadori, Milano 2004 (poi Le Lettere 2010); Storia della mistica occidentale. Dall’Iliade a Simone Weil, Mondadori, Milano 2005 (nuova ed. 2010; Tesi per una riforma religiosa, Le Lettere 2006; La religione della ragione, Mondadori Bruno 2007; Mistica e filosofia, Piemme, Casale Monferrato (Al) 1996 (nuova ed. Le Lettere 2007); Sulla grazia, Le Lettere 2008; Invito al pensiero di Sant’Agostino, Mursia, Milano 20092; La mistica delle grandi religioni, Le Lettere 2010; Prego Dio che mi liberi da Dio, Bompiani, Milano 2010.